این معاونت در زمینه برنامه ریزی، انجام امور علمی – اجرایی، مشارکت در تدوین راهبردها و برنامه های کلان و پشتیبانی از فعالیت های تحقیقاتی و فناوری پژوهشگاه فعالیت می نماید. برخی از وظایف این معاونت عبارتند از :
– بررسی و اتخاذ تدابیر لازم به منظور ارتقاء کیفی و افزایش بهره وری ساختاری پژوهشگاه؛
– مشارکت در سیاست گذاری و برنامه ریزی های خرد و کلان پژوهشگاه؛
– هدایت امور برنامه، بودجه، تشکیلات، تحول اداری، بهره وری، نظارت و ارزیابی؛
– انجام امور مالی، انعقاد قراردادها و اجرای تعهدات پژوهشگاه و پاسخگویی به سازمان های نظارتی (نظیر دیوان محاسبات)؛
– انجام فعالیت های انتشاراتی پژوهشگاه(نشر کتب و گزارش های پژوهشی، مجلات تخصصی و فروش آنها)
– اجرای قوانین و مقررات مربوط به امور اداری، استخدامی و تشکیلاتی و اصلاح ساختار تشکیلاتی و هرم نیروی انسانی؛
– ارائه راهکارهای لازم به منظور توسعه کمی و کیفی بخش های پژوهشی، آموزشی و پشتیبانی؛
– توسعه و تجهیز فضاهای متناسب با نیازهای اعضای هیات علمی، کارکنان و دانشجویان؛
– برنامه ریزی برای آموزش کارکنان در راستای توسعه و تحول سرمایه انسانی و ایجاد مهارت های لازم در آنها؛
– بسترسازی برای پشتیبانی علمی – تجهیزاتی از پژوهشگران برای انجام پروژه های پژوهشی و فناوری؛
– برنامه ریزی در جهت تامین و توزیع اعتبارات مورد نیاز فعالیت های علمی، آموزشی، تحقیقاتی و فناوری؛
– انجام اقدامات لازم به منظور بهبود بهره وری و افزایش کارآیی و اثربخشی کارکنان؛
– انجام امور حقوقی پژوهشگاه.

در حال حاضر این معاونت مشتمل بر مدیریت های زیر می باشد :

– مدیریت بودجه،تشکیلات و تحول اداری
– مدیریت اموراداری و پشتیبانی 
– مدیریت امور مالی