مدیریت امور مالی از چهار اداره (اداره اعتبارات، دفترداری و تنظیم حساب؛ اداره اسناد، رسیدگی، دریافت و پرداخت؛ اداره امور قراردادها؛ و اداره اموال) تشکیل شده است که وظایف زیر را بر عهده دارند:
- تنظیم حسابهای دریافتی و پرداختی پژوهشگاه؛
- همکاری و مشارکت در برگزاری سمینارها، کنفرانس‌ها و کارگاه‌های تخصصی داخلی و بین‌المللی؛
- انجام تعاملات لازم با دستگاه‌های نظارتی نظیر دیوان محاسبات کشور، وزارت امور اقتصادی و دارایی، حسابرس هیأت امناء و سازمان بازرسی کل کشور؛
- وصول مطالبات و درآمدها و پرداخت هزینه‌های پژوهشگاه؛
- رسیدگی به اسناد هزینه‌های اداری، حقوق و مزایا و حسابهای بانکی و اموال پژوهشگاه؛
- نگهداری حسابهای روزانه، دریافت‌ها و پرداخت‌ها، و تسویه حسابهای مربوط به دیون و تعهدات؛
- ثبت و رسیدگی به اموال منقول و غیرمنقول پژوهشگاه؛
- حسابداری اموال، انبارگردانی و برگزاری مناقصات و مزایدهها؛
- بررسی و تهیه متن قراردادهای منعقده.